征东大都督府下，则设八司，分别是：
参谋司，负责整理军事情报，并以此为根据，进行分析推演，并给出意见和建议。
军法司，是军队内部的理法裁决机构，负责对在职军人违法违纪事件的裁定，若是现役军人在请假期间违反了地方法律，也是要先交由军法司处置的。
军令司，负责大都督府所有命令文书及时下派送达，并负责保障军令正确顺利进行。王伦交给了这个部门另一个任务，就是养信鸽。
军务司，负责各部队、各兵种武器装备的采买和品质检查监督。
军训司，负责各部队日常军事技能操练，并对训练成果进行考核评判。
后勤司，负责军队武器、被服、衣甲、粮草、车辆等的运输保养，以及火头军也就是炊事兵的驻派等。
军情司，负责对天下各地地形的测绘、各地天文地理水文道路情况、民风民俗等的收集调查，以及各地军事情报的收集等。
侦骑司，只对王伦本人负责，职责只有一项，监视内部动向。
除了二府六曹八司之外，王伦又设置了三司，即监察司，专门负责对各曹和各项事务的开支审计以及对官员的督察等。
他特意设了另两个部门，安民司，类似于后世的民警，组建了一支 “民警”队伍，负责巡逻街道，处理民间的民事纠纷；城管司，安排人员的守夜、打更、街道清扫、市容维护等。
王伦的这一番制度改革，其实就是将大宋朝本就有的许多职司重新厘定，又将一些并无法定、但地方上已经通用的制度规范化。
先前梁山的“头领、头目、小头目、喽啰”的这一套职级，已经不适合了，王伦也重新做出了调整，改为“将、校、尉、士”，仍旧四级，属于暂用条例，以后还是会继续修改的。
制度既然已经确定，就得进行一系列的人事变动，这就意味着有一些领兵的头领，会转为文职军官，王伦少不了又要继续与众头领们逐一谈话，以安抚人心。
王伦之所以要迫不及待地进行制度改革，是因为他必须得给梁山历次战争中伤残的士卒寻找一个更好的出路。
以前梁山历次出兵，伤残人员都发放了抚恤金，而且王伦也尽可能地将他们都安置到各作坊，做一些力所能及的工作。
但毕竟工坊的许多工作，还是需要双脚齐全的人来做的，为了安置这些伤残士卒，王伦就设了诸多部门，至少培养培训一番，勉强也能够任用的。
他现在并不着急着打算就此搞土地改革，步子迈得太大，很容易适得其反。
二府诸曹、司既定，王伦梳理清楚了一切，就此发兵，一路向东！
首先要拿下的，自然是齐、兖二州，于是林冲领兵攻齐，郝思文领兵攻兖，大军浩荡向东而去。
从梁山开始主动对外进攻以来，京东西路诸州兵，几乎都与梁山交过手，没交过手的，也是因为州兵实在不堪大用。
而在两路大军分进之前，就在郓城县，高俅被当众斩首，行刑官是主动请求的史进。
高俅被韩世忠押着，二州八县之地逛了个遍，王伦不要他死，他自己寻死也不能，就这么被游街示众了一番。
看到高俅如同一条丧家之犬一般，跪倒在高台上，下面围了许多百姓，兴奋地看着，史进又宣读了高俅的罪状，一刀狠狠站下，那颗罪恶的脑袋骨碌碌滚到了一边。
没有百姓来沾人血馒头，一个奸臣的血，想来只会带来霉运，却治不了病的。
看到高俅身死，林冲恍惚间觉得不那么真实，愣了许久，方才畅快地大笑了起来。高俅就仿佛是他的心魔一般，如今心魔已除，他林冲就再无任何负担，誓要在这大好山河纵横一番了！
王伦便下令，将高俅的尸体随意用一口薄棺埋了，那颗脑袋却用石灰仔细腌了，准备攻占一地，就示众一地，也叫百姓们都知晓，一个奸佞误国之臣的下场。
王伦已经将二龙山人马全部撤回，宋万负责后勤司，曹正就转到他名下任副职，至于杨林，王伦实在难以取舍。
此前梁山搞情报的，主要是朱贵、时迁，但朱贵能力不在此，所以就被转入将军府户曹下面，仍旧与韩伯龙负责民生事务。
后来山寨多了杨林、石秀和燕青，这三人都很是优秀，但许贯忠却建议燕青转为军职，或者其他事务。
因此许贯忠已经算是梁山势力王伦之下的第二人，文武军民两政通抓，燕青作为他的好友，再搞情报工作，那就是逼着王伦提防着他了。
王伦便将燕青转为骑兵第七营，接了邓飞的班，邓飞则转为军法司，做了裴宣的副手，同时兼任第十一营副将。
石秀已经陪着吴用去了江南，王伦询问了杨林的意见后，就由他充任侦骑司主事。
这几年杨林在京东东路干得很不错，除了最南面的淮阳军，其他各州都被他安插了密探，情报收集的相关工作做得很是顺利。
所以王伦派林冲与郝思文分别攻打两州，实在是山寨的情报头领们将事先的准备工作都做到了极致。
按照王伦的设想，郓、济二州已经占领，再占齐、兖，然后就是淄、青、潍、莱、登五州之地，至于南面的密、沂二州，倒是可以暂缓一缓的。
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