回到办公室后，侯亮平立刻安排人手，对科研所涉及该能量转换装置研发的核心团队成员展开秘密调查。他要查清他们的学术背景、社交关系，尤其是是否与军方科研机构或境外军事势力有过接触。同时，他还向相关军事科研管理部门咨询，了解国内目前在类似能量转换技术领域的研究进展和应用范围，以判断科研所的研究是否超出了民用科研的界限。
在调查过程中，侯亮平遇到了重重困难。科研人员的背景资料纷繁复杂，很多信息涉及专业领域，需要耗费大量时间和精力去核实甄别。而且，科研所方面似乎也察觉到了他的调查重点，开始有意无意地设置障碍，提供资料时拖拖拉拉，一些关键信息含糊其辞。
“孙连城，你越是这样，越让我觉得你心里有鬼。” 侯亮平心中暗自恼怒，眼神愈发坚定。他知道，自己已经越来越接近真相，这场与孙连城的较量，进入了关键阶段。他绝不会因为困难而退缩，哪怕前方荆棘密布，也要将真相查个水落石出。
而科研所内，孙连城得知侯亮平再次深入调查设备情况后，心急如焚。他明白，一旦侯亮平认定科研所与非法军事科研有关，那后果将不堪设想。不仅科研项目会被迫终止，科研所的声誉也将扫地，所有科研人员的努力都将化为泡影。
“不行，我得想办法证明我们的清白。” 孙连城站起身来，在办公室内来回踱步，眼神中透露出焦急与决然。他决定主动出击，整理一份详细的关于能量转换装置研发项目的技术报告和民用应用前景分析，向侯亮平以及相关部门解释清楚项目的来龙去脉，消除他们的疑虑。
然而，就在孙连城埋头准备资料时，科研所又传来一个坏消息：由于网络舆论的持续发酵，一些合作单位开始对科研所产生信任危机，纷纷暂停了合作项目，资金链也随之出现紧张迹象。这无疑是雪上加霜，让科研所陷入了更深的困境。
“怎么会这样？” 孙连城一拳砸在桌上，眼中满是愤怒与无奈。他望着窗外阴霾密布的天空，心中一片灰暗。此刻的他，仿佛置身于惊涛骇浪中的孤舟，四面楚歌，却又找不到可以停靠的彼岸。但他知道，自己不能放弃，为了科研所，为了那些信任他的同事，他必须咬牙坚持下去，与侯亮平的调查周旋到底，等待转机的出现。
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